See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sun. 01 Jun 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (61485) 26 treeio (22885) 51 preprocessCore (14347)
2 BiocGenerics (58730) 27 ggtree (22772) 52 BiocSingular (12692)
3 S4Vectors (56191) 28 GenomicAlignments (22505) 53 ScaledMatrix (12457)
4 IRanges (56015) 29 DESeq2 (22194) 54 multtest (11654)
5 GenomeInfoDb (55208) 30 clusterProfiler (21861) 55 genefilter (11410)
6 Biobase (50716) 31 fgsea (21666) 56 VariantAnnotation (11137)
7 XVector (50672) 32 biomaRt (21495) 57 ProtGenerics (11110)
8 zlibbioc (50217) 33 DOSE (21304) 58 AnnotationHub (11026)
9 Biostrings (48161) 34 rhdf5 (21217) 59 BiocNeighbors (10914)
10 GenomicRanges (45774) 35 enrichplot (21206) 60 AnnotationFilter (10654)
11 BiocParallel (45240) 36 rhdf5filters (20899) 61 impute (10526)
12 DelayedArray (42754) 37 rtracklayer (20063) 62 GEOquery (10046)
13 SparseArray (42714) 38 GOSemSim (19713) 63 ensembldb (9480)
14 MatrixGenerics (42547) 39 qvalue (19616) 64 scuttle (9063)
15 SummarizedExperiment (41311) 40 graph (19411) 65 Rgraphviz (8933)
16 S4Arrays (40454) 41 BiocIO (19306) 66 RBGL (8920)
17 UCSC.utils (39180) 42 GenomicFeatures (17339) 67 GSEABase (8680)
18 AnnotationDbi (36893) 43 annotate (16840) 68 affyio (7744)
19 KEGGREST (36760) 44 SingleCellExperiment (16446) 69 ExperimentHub (7684)
20 limma (35409) 45 ComplexHeatmap (16391) 70 affy (7619)
21 BiocFileCache (24943) 46 DelayedMatrixStats (15982) 71 sva (7329)
22 edgeR (23878) 47 beachmat (15573) 72 GSVA (7290)
23 Rhtslib (23618) 48 sparseMatrixStats (15411) 73 scater (7154)
24 Rsamtools (23341) 49 BSgenome (15004) 74 assorthead (6999)
25 Rhdf5lib (22932) 50 HDF5Array (14812) 75 BiocBaseUtils (6673)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (169)

a4Base (185)

a4Classif (158)

a4Core (189)

a4Preproc (180)

a4Reporting (158)

ABAEnrichment (42)

ABarray (171)

abseqR (128)

ABSSeq (194)

acde (151)

ACE (150)

aCGH (224)

ACME (203)

ADaCGH2 (159)

ADAM (206)

ADAMgui (124)

ADAPT (36)

adaptest (15)

adductomicsR (121)

ADImpute (133)

adSplit (157)

adverSCarial (92)

AffiXcan (123)

affxparser (1607)

affy (7619)

affycomp (194)

AffyCompatible (76)

affyContam (176)

affycoretools (402)

AffyExpress (55)

affyILM (152)

affyio (7744)

affylmGUI (186)

affyPara (55)

affypdnn (64)

affyPLM (922)

affyQCReport (58)

AffyRNADegradation (147)

AffyTiling (39)

AGDEX (143)

aggregateBioVar (130)

Agi4x44PreProcess (26)

agilp (154)

AgiMicroRna (227)

AHMassBank (97)

AIMS (344)

airpart (123)

alabaster (105)

alabaster.base (3523)

alabaster.bumpy (109)

alabaster.files (86)

alabaster.mae (114)

alabaster.matrix (3523)

alabaster.ranges (3380)

alabaster.sce (1134)

alabaster.schemas (3178)

alabaster.se (3294)

alabaster.sfe (20)

alabaster.spatial (112)

alabaster.string (107)

alabaster.vcf (108)

ALDEx2 (1239)

alevinQC (140)

AllelicImbalance (160)

AlphaBeta (120)

AlphaMissenseR (104)

alpine (38)

ALPS (14)

AlpsNMR (147)

alsace (43)

altcdfenvs (162)

AMARETTO (218)

AMOUNTAIN (138)

amplican (144)

ampliQueso (38)

AnalysisPageServer (35)

anamiR (15)

Anaquin (118)

ANCOMBC (1289)

AneuFinder (154)

ANF (123)

animalcules (263)

annaffy (292)

AnnBuilder (11)

annmap (135)

annotate (16840)

AnnotationDbi (36893)

AnnotationFilter (10654)

AnnotationForge (1835)

AnnotationFuncs (42)

AnnotationHub (11026)

AnnotationHubData (307)

annotationTools (169)

annotatr (463)

anota (146)

anota2seq (143)

antiProfiles (136)

AnVIL (502)

AnVILAz (77)

AnVILBase (210)

AnVILBilling (105)

AnVILGCP (86)

AnVILPublish (114)

AnVILWorkflow (95)

APAlyzer (138)

apComplex (155)

apeglm (3813)

APL (193)

applera (3)

appreci8R (120)

aroma.light (1756)

ArrayExpress (415)

ArrayExpressHTS (44)

arrayMagic (12)

arrayMvout (143)

arrayQCplot (4)

arrayQuality (252)

arrayQualityMetrics (449)

ArrayTools (51)

ArrayTV (43)

ARRmNormalization (144)

artMS (135)

ASAFE (110)

ASEB (134)

ASGSCA (137)

ASICS (157)

asmn (5)

ASpediaFI (27)

ASpli (156)

AssessORF (210)

ASSET (161)

ASSIGN (170)

assorthead (6999)

ASURAT (118)

ATACCoGAPS (40)

ATACseqQC (400)

ATACseqTFEA (105)

atena (120)

AtlasRDF (20)

atSNP (135)

attract (168)

AUCell (2693)

autonomics (118)

Autotuner (12)

AWFisher (126)

awst (109)

B

BaalChIP (150)

BAC (54)

bacon (196)

BADER (138)

BadRegionFinder (118)

BAGS (145)

ballgown (558)

bambu (317)

bamsignals (932)

BANDITS (135)

bandle (113)

Banksy (273)

banocc (137)

barbieQ (22)

barcodetrackR (118)

basecallQC (136)

BaseSpaceR (143)

Basic4Cseq (141)

BASiCS (168)

BASiCStan (128)

BasicSTARRseq (118)

basilisk (3313)

basilisk.utils (3212)

batchelor (3990)

BatchQC (174)

BatchSVG (33)

BayesKnockdown (113)

BayesPeak (54)

BayesSpace (306)

bayNorm (144)

baySeq (449)

BBCAnalyzer (141)

BCRANK (178)

bcSeq (116)

BDMMAcorrect (31)

beachmat (15573)

beachmat.hdf5 (155)

beachmat.tiledb (39)

beadarray (645)

beadarraySNP (72)

BeadDataPackR (524)

BeadExplorer (8)

BEARscc (60)

BEAT (147)

BEclear (143)

bedbaser (29)

beer (109)

benchdamic (105)

BERT (90)

betaHMM (88)

betr (43)

bettr (89)

BG2 (102)

bgafun (47)

BgeeCall (115)

BgeeDB (155)

BGmix (47)

bgx (111)

BHC (69)

BicARE (170)

BiFET (124)

BiGGR (136)

bigmelon (134)

bigmemoryExtras (35)

bigPint (34)

bim (4)

BindingSiteFinder (115)

bioassayR (140)

Biobase (50716)

biobroom (253)

biobtreeR (96)

bioCancer (134)

BioCartaImage (95)

BiocBaseUtils (6673)

BiocBook (115)

BiocCaseStudies (53)

BiocCheck (1587)

biocDatasets (9)

BiocDockerManager (16)

BiocFHIR (108)

BiocFileCache (24943)

BiocGenerics (58730)

biocGraph (275)

BiocHail (59)

BiocHubsShiny (131)

BiocInstaller (153)

BiocIO (19306)

biocmake (85)

BiocNeighbors (10914)

BiocOncoTK (62)

BioCor (140)

BiocParallel (45240)

BiocPkgTools (192)

biocroxytest (83)

BiocSet (385)

BiocSingular (12692)

BiocSklearn (166)

BiocStyle (5421)

biocthis (267)

BiocVersion (61485)

biocViews (4316)

BiocWorkflowTools (198)

biodb (153)

biodbChebi (114)

biodbExpasy (44)

biodbHmdb (115)

biodbKegg (62)

biodbLipidmaps (29)

biodbMirbase (14)

biodbNcbi (108)

biodbNci (111)

biodbUniprot (100)

bioDist (273)

BioGA (72)

biomaRt (21495)

BioMedR (5)

biomformat (5608)

BioMM (29)

BioMVCClass (156)

biomvRCNS (141)

BioNAR (125)

BioNERO (261)

BioNet (283)

BioNetStat (65)

BioQC (184)

BioSeqClass (57)

biosigner (150)

Biostrings (48161)

biosvd (42)

BioTIP (139)

biotmle (125)

biovizBase (4883)

BiRewire (223)

birta (42)

birte (26)

biscuiteer (124)

BiSeq (161)

BitSeq (64)

blacksheepr (130)

blima (137)

BLMA (130)

BloodGen3Module (156)

bluster (5675)

bnbc (220)

bnem (109)

BOBaFIT (108)

borealis (96)

BPRMeth (147)

BRAIN (201)

brainflowprobes (36)

brainImageR (7)

BrainSABER (19)

BrainStars (40)

branchpointer (149)

breakpointR (124)

BreastSubtypeR (33)

brendaDb (117)

BREW3R.r (88)

BRGenomics (53)

bridge (53)

BridgeDbR (151)

broadSeq (79)

BrowserViz (177)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (15004)

BSgenomeForge (198)

bsseq (1367)

BubbleTree (159)

BufferedMatrix (144)

BufferedMatrixMethods (145)

bugsigdbr (343)

BulkSignalR (38)

BUMHMM (143)

bumphunter (2509)

BumpyMatrix (379)

BUS (163)

BUScorrect (123)

BUSpaRse (228)

BUSseq (119)

C

CaDrA (95)

CAEN (102)

CAFE (143)

CAGEfightR (278)

cageminer (111)

CAGEr (302)

CALIB (63)

calm (94)

CAMERA (483)

CAMTHC (13)

CaMutQC (89)

canceR (158)

cancerclass (412)

CancerInSilico (37)

CancerMutationAnalysis (53)

CancerSubtypes (83)

CAnD (34)

caOmicsV (30)

cardelino (115)

Cardinal (286)

CardinalIO (195)

CARDspa (43)

CARNIVAL (202)

casper (134)

CATALYST (555)

Category (1352)

categoryCompare (149)

CatsCradle (71)

CausalR (138)

cbaf (117)

CBEA (79)

cBioPortalData (368)

CBNplot (145)

cbpManager (112)

CCAFE (28)

ccfindR (137)

ccImpute (109)

ccmap (143)

CCPlotR (117)

CCPROMISE (125)

ccrepe (187)

CDI (94)

celaref (128)

celda (783)

CellaRepertorium (30)

CellBarcode (122)

cellbaseR (129)

CellBench (177)

cellGrowth (35)

cellHTS (53)

cellHTS2 (149)

CelliD (238)

cellity (128)

CellMapper (115)

cellmigRation (108)

CellMixS (140)

CellNOptR (182)

cellscape (108)

CellScore (121)

CellTrails (128)

cellTree (35)

cellxgenedp (127)

CEMiTool (197)

censcyt (100)

Cepo (171)

ceRNAnetsim (99)

CeTF (124)

CexoR (148)

CFAssay (119)

cfdnakit (99)

cfDNAPro (136)

cfTools (97)

CGEN (141)

CGHbase (356)

CGHcall (330)

cghMCR (194)

CGHnormaliter (156)

CGHregions (155)

ChAMP (758)

CHARGE (14)

charm (50)

ChemmineOB (332)

ChemmineR (786)

CHETAH (159)

chevreulPlot (31)

chevreulProcess (33)

chevreulShiny (22)

ChIC (25)

Chicago (156)

chihaya (184)

chimera (50)

chimeraviz (155)

ChIPanalyser (133)

ChIPComp (130)

chipenrich (175)

ChIPexoQual (128)

ChIPpeakAnno (933)

ChIPQC (376)

ChIPseeker (1992)

chipseq (578)

ChIPseqR (171)

ChIPSeqSpike (21)

ChIPsim (153)

ChIPXpress (118)

chopsticks (166)

chroGPS (52)

chromDraw (140)

ChromHeatMap (152)

ChromoViz (7)

chromPlot (247)

ChromSCape (122)

chromstaR (101)

chromswitch (39)

chromVAR (1176)

CHRONOS (126)

cicero (276)

CIMICE (107)

CINdex (136)

circRNAprofiler (129)

CircSeqAlignTk (92)

cisPath (122)

CiteFuse (137)

ClassifyR (355)

cleanUpdTSeq (151)

CleanUpRNAseq (73)

cleaver (253)

clevRvis (114)

clippda (158)

clipper (151)

cliProfiler (104)

cliqueMS (149)

Clomial (130)

Clonality (56)

clonotypeR (40)

clst (152)

clstutils (153)

CluMSID (108)

ClustAll (98)

clustComp (127)

clusterExperiment (323)

ClusterFoldSimilarity (95)

ClusterJudge (127)

clusterProfiler (21861)

clusterSeq (132)

ClusterSignificance (128)

clusterStab (163)

clustifyr (210)

ClustIRR (103)

clustSIGNAL (27)

CMA (217)

cmapR (457)

cn.farms (151)

cn.mops (232)

CNAnorm (148)

CNEr (3064)

CNORdt (135)

CNORfeeder (146)

CNORfuzzy (144)

CNORode (145)

CNPBayes (28)

CNTools (191)

CNVfilteR (98)

CNVgears (36)

cnvGSA (141)

CNViz (95)

CNVMetrics (112)

CNVPanelizer (129)

CNVRanger (144)

CNVrd2 (144)

CNVtools (42)

cobindR (48)

CoCiteStats (146)

COCOA (133)

codelink (179)

CODEX (165)

coexnet (26)

CoGAPS (346)

cogena (162)

cogeqc (124)

Cogito (111)

coGPS (154)

COHCAP (44)

cola (181)

comapr (105)

combi (140)

coMET (88)

coMethDMR (123)

compartmap (42)

COMPASS (162)

compcodeR (162)

compEpiTools (138)

CompGO (33)

ComplexHeatmap (16391)

CompoundDb (263)

ComPrAn (106)

compSPOT (83)

conclus (13)

concordexR (116)

condcomp (5)

condiments (145)

CONFESS (135)

consensus (117)

ConsensusClusterPlus (2889)

consensusDE (114)

consensusOV (136)

consensusSeekeR (129)

consICA (193)

CONSTANd (109)

contiBAIT (42)

conumee (229)

convert (188)

copa (148)

COPDSexualDimorphism (5)

copynumber (129)

CopyNumber450k (22)

CopyNumberPlots (141)

CopywriteR (43)

Coralysis (4)

coRdon (233)

CoRegFlux (10)

CoRegNet (62)

CoreGx (252)

Cormotif (152)

CorMut (36)

coRNAi (44)

corral (132)

CORREP (45)

coseq (200)

CoSIA (95)

cosmiq (200)

cosmo (18)

cosmoGUI (16)

cosmosR (149)

COSNet (130)

COTAN (143)

CountClust (30)

countsimQC (303)

covEB (120)

CoverageView (145)

covRNA (112)

CPSM (27)

cpvSNP (141)

cqn (315)

CRImage (169)

CRISPRball (101)

crisprBase (158)

crisprBowtie (140)

crisprBwa (94)

crisprDesign (142)

crisprScore (163)

CRISPRseek (171)

crisprseekplus (32)

crisprShiny (89)

CrispRVariants (156)

crisprVerse (127)

crisprViz (126)

crlmm (299)

CrossICC (7)

crossmeta (101)

crumblr (25)

crupR (25)

CSAR (160)

csaw (466)

csdR (104)

CSSP (36)

CSSQ (102)

ctc (276)

CTdata (96)

CTDquerier (125)

CTexploreR (87)

ctgGEM (13)

cTRAP (134)

ctsGE (128)

CTSV (107)

cummeRbund (277)

CuratedAtlasQueryR (102)

customCMPdb (115)

customProDB (152)

CVE (21)

cyanoFilter (108)

cycle (149)

cydar (145)

cypress (89)

CytoDx (131)

cytofast (14)

cytofkit (37)

CyTOFpower (48)

cytofQC (105)

CytoGLMM (106)

cytoKernel (123)

cytolib (2375)

cytomapper (345)

CytoMDS (88)

cytoMEM (144)

CytoML (450)

CytoPipeline (118)

CytoPipelineGUI (90)

CytoTree (17)

cytoviewer (135)

D

dada2 (2437)

dagLogo (152)

daMA (156)

DAMEfinder (117)

DaMiRseq (138)

Damsel (86)

dandelionR (44)

DAPAR (174)

dar (78)

DART (158)

DASC (2)

DASiR (25)

dasper (20)

DAVIDQuery (30)

DBChIP (54)

dcanr (212)

DCATS (119)

dce (80)

dcGSA (113)

DChIPRep (34)

ddCt (180)

ddgraph (35)

ddPCRclust (142)

dearseq (236)

debCAM (129)

debrowser (164)

DECIPHER (2788)

deco (25)

DEComplexDisease (33)

decompTumor2Sig (141)

DeconRNASeq (334)

decontam (1606)

decontX (315)

DeconvoBuddies (23)

deconvR (125)

decoupleR (1357)

DEDS (56)

DeepBlueR (40)

DeepPINCS (109)

deepSNV (193)

DeepTarget (75)

DEFormats (242)

DegCre (83)

DegNorm (118)

DEGraph (114)

DEGreport (611)

DEGseq (245)

DelayedArray (42754)

DelayedDataFrame (106)

DelayedMatrixStats (15982)

DelayedRandomArray (106)

DelayedTensor (112)

DELocal (125)

deltaCaptureC (105)

deltaGseg (134)

DeMAND (117)

DeMixT (142)

demuxmix (256)

demuxSNP (93)

densvis (1193)

DEP (623)

DepecheR (138)

DepInfeR (105)

DeProViR (37)

DEqMS (301)

derfinder (498)

derfinderHelper (492)

derfinderPlot (159)

DEScan2 (124)

DESeq (186)

DESeq2 (22194)

DEsingle (290)

DESpace (113)

destiny (727)

DEsubs (123)

DEWSeq (122)

DExMA (110)

DEXSeq (1384)

dexus (52)

DFP (152)

DFplyr (58)

DIAlignR (54)

DiffBind (1085)

diffcoexp (174)

diffcyt (431)

DifferentialRegulation (111)

diffGeneAnalysis (135)

diffHic (178)

DiffLogo (149)

diffloop (41)

diffuStats (136)

diffUTR (96)

diggit (127)

Dino (107)

dinoR (89)

dir.expiry (3351)

Director (86)

DirichletMultinomial (4436)

discordant (145)

DiscoRhythm (135)

distinct (258)

dittoSeq (1303)

divergence (116)

dks (122)

DMCFB (123)

DMCHMM (112)

DMRcaller (166)

DMRcate (1107)

DMRforPairs (59)

DMRScan (109)

dmrseq (211)

DNABarcodeCompatibility (98)

DNABarcodes (204)

DNAcopy (4593)

DNAcycP2 (28)

DNAfusion (106)

DNaseR (7)

DNAshapeR (154)

DNEA (6)

domainsignatures (38)

DominoEffect (111)

dominoSignal (67)

doppelgangR (210)

DOQTL (31)

Doscheda (129)

DOSE (21304)

doseR (123)

doubletrouble (118)

dpeak (24)

drawProteins (223)

dreamlet (132)

DRIMSeq (302)

DriverNet (132)

DropletUtils (2375)

drugTargetInteractions (109)

DrugVsDisease (142)

dSimer (15)

DSS (716)

dStruct (99)

DTA (142)

dualKS (50)

Dune (101)

DupChecker (23)

DuplexDiscovereR (57)

dupRadar (186)

dyebias (166)

DynDoc (1416)

E

easier (145)

EasyCellType (130)

easylift (96)

EasyqpcR (52)

easyreporting (115)

easyRNASeq (193)

EBarrays (201)

EBcoexpress (153)

EBImage (2777)

EBSEA (116)

EBSeq (392)

EBSeqHMM (63)

ecolitk (176)

EDASeq (1576)

edd (21)

EDDA (43)

edge (171)

edgeR (23878)

EDIRquery (95)

eds (373)

eegc (51)

EGAD (142)

EGSEA (273)

eiR (132)

eisa (62)

eisaR (162)

ELBOW (41)

ELMER (254)

ELViS (35)

EMDomics (152)

EmpiricalBrownsMethod (144)

ENCODExplorer (41)

EnhancedVolcano (5742)

enhancerHomologSearch (97)

EnMCB (118)

ENmix (342)

EnrichDO (67)

EnrichedHeatmap (619)

EnrichmentBrowser (527)

enrichplot (21206)

enrichTF (36)

enrichViewNet (99)

ensembldb (9480)

ensemblVEP (95)

ENVISIONQuery (41)

epialleleR (119)

EpiCompare (80)

epidecodeR (107)

EpiDISH (673)

epigenomix (140)

epigraHMM (109)

epihet (17)

EpiMix (105)

epimutacions (104)

epiNEM (133)

EpipwR (63)

epiregulon (90)

epiregulon.extra (95)

epistack (111)

epistasisGA (102)

EpiTxDb (113)

epivizr (165)

epivizrChart (127)

epivizrData (126)

epivizrServer (120)

epivizrStandalone (119)

erccdashboard (166)

erma (159)

ERSSA (126)

esATAC (137)

escape (449)

escheR (127)

esetVis (134)

eudysbiome (136)

evaluomeR (116)

EventPointer (139)

EWCE (292)

ExCluster (100)

ExiMiR (155)

exomeCopy (153)

exomePeak (48)

exomePeak2 (80)

exonmap (14)

ExperimentHub (7684)

ExperimentHubData (264)

ExperimentSubset (123)

explorase (50)

ExploreModelMatrix (252)

ExpressionAtlas (235)

ExpressionView (58)

exprExternal (2)

externalVector (16)

extraChIPs (132)

F

fabia (220)

facopy (24)

factDesign (155)

factR (108)

faers (119)

FamAgg (146)

famat (112)

farms (62)

fastLiquidAssociation (131)

FastqCleaner (138)

fastreeR (129)

fastseg (766)

fbat (12)

FCBF (46)

fCCAC (125)

fCI (135)

fcoex (26)

fcScan (118)

fdrame (147)

FEAST (175)

FeatSeekR (90)

fedup (110)

FELLA (188)

FEM (43)

fenr (98)

ffpe (143)

fgga (108)

FGNet (158)

fgsea (21666)

FilterFFPE (120)

findIPs (91)

FindIT2 (116)

FindMyFriends (39)

FISHalyseR (122)

fishpond (278)

FitHiC (151)

flagme (130)

FLAMES (124)

flipflop (33)

flowAI (542)

flowBeads (140)

flowBin (125)

flowcatchR (157)

flowCHIC (145)

flowCL (39)

flowClean (258)

flowClust (708)

flowCore (2420)

flowCut (163)

flowCyBar (117)

flowDensity (292)

flowFit (34)

flowFlowJo (31)

flowFP (192)

flowGate (129)

flowGraph (109)

flowMap (56)

flowMatch (148)

flowMeans (184)

flowMerge (162)

flowPeaks (211)

flowPhyto (22)

flowPloidy (126)

flowPlots (124)

flowQ (47)

flowQB (38)

FlowRepositoryR (32)

FlowSOM (1000)

flowSpecs (137)

flowSpy (10)

flowStats (462)

flowTime (133)

flowTrans (161)

flowType (49)

flowUtils (66)

flowViz (885)

flowVS (174)

flowWorkspace (1072)

fmcsR (255)

fmrs (148)

fobitools (121)

focalCall (30)

FoldGO (39)

FourCSeq (40)

FRASER (166)

frenchFISH (90)

FRGEpistasis (118)

frma (170)

frmaTools (148)

FScanR (14)

FunChIP (49)

FunciSNP (49)

funOmics (73)

funtooNorm (126)

FuseSOM (115)

G

G4SNVHunter (59)

GA4GHclient (116)

GA4GHshiny (112)

gaga (155)

gage (828)

gaggle (65)

gaia (47)

GAPGOM (22)

GAprediction (110)

garfield (111)

GARS (112)

GateFinder (111)

gatom (114)

gaucho (26)

GBScleanR (137)

gcapc (133)

gcatest (151)

gCMAP (45)

gCMAPWeb (40)

gCrisprTools (131)

gcrma (1064)

GCSConnection (11)

GCSFilesystem (8)

GCSscore (30)

GDCRNATools (236)

gDNAx (100)

gDR (83)

gDRcore (93)

gDRimport (93)

gDRstyle (96)

gDRutils (92)

GDSArray (238)

gdsfmt (2121)

GeDi (93)

geecc (42)

GEM (115)

gemini (103)

gemma.R (128)

genArise (137)

genbankr (72)

GENE.E (27)

gene2pathway (17)

GeneAccord (30)

GeneAnswers (67)

geneAttribution (136)

GeneBreak (136)

geneClassifiers (127)

GeneExpressionSignature (173)

genefilter (11410)

genefu (324)

GeneGA (115)

GeneGeneInteR (117)

GeneGroupAnalysis (12)

GeneMeta (183)

GeneNetworkBuilder (155)

GeneOverlap (657)

geneplast (154)

geneplotter (4265)

GeneR (19)

geneRecommender (150)

GeneRegionScan (170)

GeneRfold (7)

geneRxCluster (140)

GeneSelectMMD (146)

GeneSelector (45)

GENESIS (411)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (132)

geNetClassifier (171)

GeneticsBase (14)

GeneticsDesign (44)

GeneticsPed (164)

GeneTonic (306)

GeneTraffic (12)

GeneTS (8)

geneXtendeR (124)

GENIE3 (1379)

genoCN (123)

GenoGAM (28)

genomation (661)

GenomAutomorphism (103)

GenomeBase (2)

GenomeGraphs (61)

GenomeInfoDb (55208)

genomeIntervals (187)

genomes (146)

GenomicAlignments (22505)

GenomicDataCommons (984)

GenomicDistributions (162)

GenomicFeatures (17339)

GenomicFiles (1053)

genomicInstability (126)

GenomicInteractionNodes (102)

GenomicInteractions (400)

GenomicOZone (126)

GenomicPlot (118)

GenomicRanges (45774)

GenomicScores (603)

GenomicSuperSignature (126)

GenomicTuples (135)

Genominator (55)

genoset (51)

genotypeeval (38)

GenoView (18)

genphen (21)

GenProSeq (97)

GenRank (16)

GenVisR (309)

GeoDiff (118)

GEOexplorer (124)

GEOfastq (125)

GEOmetadb (281)

geomeTriD (63)

GeomxTools (379)

GEOquery (10046)

GEOsearch (16)

GEOsubmission (152)

GeoTcgaData (217)

gep2pep (115)

gespeR (80)

getDEE2 (110)

geva (113)

GEWIST (118)

geyser (48)

gff3Plotter (3)

gg4way (95)

GGBase (59)

ggbio (1771)

ggcyto (796)

ggkegg (521)

ggmanh (286)

ggmsa (553)

GGPA (108)

ggsc (144)

ggseqalign (71)

ggspavis (248)

GGtools (72)

ggtree (22772)

ggtreeDendro (108)

ggtreeExtra (1184)

ggtreeSpace (86)

GIGSEA (115)

ginmappeR (91)

gINTomics (77)

girafe (175)

GISPA (35)

GLAD (230)

GladiaTOX (113)

Glimma (1009)

glmGamPoi (5048)

glmSparseNet (247)

GlobalAncova (919)

globalSeq (117)

globaltest (1679)

GloScope (102)

gmapR (175)

GmicR (117)

gmoviz (113)

GMRP (115)

GNET2 (106)

GNOSIS (95)

goCluster (3)

GOexpress (163)

GOfuncR (351)

GOFunction (47)

GoogleGenomics (22)

GOpro (176)

goProfiles (167)

GOSemSim (19713)

goseq (1516)

GOSim (80)

goSorensen (106)

goSTAG (139)

GOstats (1276)

GOsummaries (64)

GOTHiC (149)

goTools (153)

GPA (106)

gpart (25)

gpls (265)

gprege (43)

gpuMagic (103)

gQTLBase (32)

gQTLstats (41)

GrafGen (87)

gramm4R (9)

GRaNIE (119)

granulator (166)

graper (110)

graph (19411)

GraphAlignment (126)

GraphAT (177)

graphite (3254)

GraphPAC (86)

GRENITS (126)

GreyListChIP (991)

GRmetrics (159)

groHMM (133)

GRridge (39)

GSALightning (109)

GSAR (180)

GSCA (142)

gscreend (124)

GSEABase (8680)

GSEABenchmarkeR (133)

GSEAlm (165)

GSEAmining (121)

gsean (124)

GSgalgoR (114)

GSReg (137)

GSRI (143)

GSVA (7290)

gtrellis (183)

GUIDEseq (148)

Guitar (209)

Gviz (3152)

GWAS.BAYES (119)

gwascat (615)

GWASTools (655)

gwasurvivr (145)

GWENA (268)

gypsum (3146)

H

h5mread (1123)

h5vc (164)

hapFabia (154)

Harman (189)

HarmonizR (109)

Harshlight (145)

hca (108)

HCABrowser (8)

HCAExplorer (6)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (37)

HDF5Array (14812)

HDTD (116)

hdxmsqc (81)

heatmaps (302)

Heatplus (453)

HelloRanges (140)

HELP (150)

HEM (154)

hermes (285)

HERON (93)

Herper (161)

hexbin (57)

HGC (109)

hiAnnotator (143)

HIBAG (187)

HicAggR (87)

HiCBricks (175)

HiCcompare (255)

HiCDCPlus (144)

HiCDOC (114)

HiCExperiment (178)

HiContacts (169)

HiCool (101)

HiCParser (28)

hicrep (10)

hicVennDiagram (96)

hierGWAS (131)

hierinf (97)

HilbertCurve (159)

HilbertVis (204)

HilbertVisGUI (99)

HiLDA (124)

hipathia (231)

HIPPO (107)

hiReadsProcessor (147)

HIREewas (110)

HiTC (217)

hmdbQuery (134)

HMMcopy (377)

HoloFoodR (74)

hoodscanR (137)

hopach (311)

HPAanalyze (209)

hpar (294)

HPAStainR (12)

HPiP (115)

HTqPCR (127)

HTSanalyzeR (54)

HTSeqGenie (51)

htSeqTools (50)

HTSFilter (229)

HuBMAPR (61)

HubPub (156)

HumanTranscriptomeCompendium (51)

hummingbird (101)

HybridExpress (103)

HybridMTest (168)

hypeR (160)

hyperdraw (156)

hypergraph (181)

I

iASeq (120)

iasva (130)

iBBiG (163)

ibh (133)

iBMQ (113)

iCARE (177)

Icens (390)

icetea (113)

iCheck (126)

iChip (158)

iClusterPlus (444)

iCNV (128)

iCOBRA (325)

ideal (150)

IdeoViz (152)

idiogram (164)

IdMappingAnalysis (49)

IdMappingRetrieval (40)

idpr (125)

idr2d (119)

IFAA (94)

iFlow (10)

iGC (138)

IgGeneUsage (113)

igvR (169)

igvShiny (109)

IHW (664)

illuminaio (2680)

ILoReg (118)

imageHTS (69)

imageTCGA (21)

IMAS (112)

imcRtools (268)

Imetagene (37)

IMMAN (112)

immApex (60)

ImmuneSpaceR (40)

immunoClust (138)

immunogenViewer (65)

immunotation (116)

IMPCdata (113)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (20)

impute (10526)

INDEED (96)

iNETgrate (101)

infercnv (1223)

infinityFlow (132)

Informeasure (103)

InPAS (150)

INPower (143)

inSilicoDb (30)

inSilicoMerging (32)

INSPEcT (140)

INTACT (94)

InTAD (123)

intansv (149)

interacCircos (106)

InteractionSet (1732)

InteractiveComplexHeatmap (427)

interactiveDisplay (166)

interactiveDisplayBase (3912)

InterCellar (126)

IntEREst (121)

InterMineR (87)

IntOMICS (11)

IntramiRExploreR (122)

inveRsion (38)

IONiseR (153)

iontree (30)

iPAC (87)

iPath (98)

ipdDb (199)

IPO (221)

IPPD (47)

IRanges (56015)

IRISFGM (23)

IrisSpatialFeatures (7)

ISAnalytics (93)

iSEE (499)

iSEEde (107)

iSEEfier (93)

iSEEhex (135)

iSEEhub (196)

iSEEindex (98)

iSEEpathways (98)

iSEEtree (105)

iSEEu (158)

iSeq (132)

ISLET (112)

islify (19)

iSNetwork (5)

isobar (177)

IsoBayes (96)

IsoCorrectoR (151)

IsoCorrectoRGUI (106)

IsoformSwitchAnalyzeR (311)

IsoGeneGUI (62)

ISoLDE (108)

isomiRs (182)

iSPlot (8)

ITALICS (142)

iterativeBMA (148)

iterativeBMAsurv (132)

iterClust (31)

iteremoval (18)

IVAS (134)

ivygapSE (129)

IWTomics (145)

J

jazzPanda (29)

jmosaics (29)

joda (42)

JunctionSeq (25)

K

karyoploteR (777)

katdetectr (109)

KBoost (92)

KCsmart (159)

kebabs (175)

KEGGgraph (5237)

KEGGlincs (132)

keggorth (7)

keggorthology (251)

KEGGprofile (48)

KEGGREST (36760)

KEGGSOAP (24)

kimod (17)

KinSwingR (112)

kissDE (110)

kmcut (73)

KnowSeq (127)

knowYourCG (93)

koinar (67)

L

LACE (199)

lapmix (104)

LBE (223)

ldblock (170)

LEA (681)

LedPred (121)

lefser (550)

lemur (118)

les (144)

levi (102)

lfa (311)

Lheuristic (19)

limma (35409)

limmaGUI (174)

limpa (25)

limpca (90)

LimROTS (25)

LINC (19)

LineagePulse (29)

lineagespot (95)

LinkHD (130)

Linnorm (193)

LinTInd (103)

lionessR (128)

lipidr (173)

LipidTrend (2)

LiquidAssociation (141)

lisaClust (181)

lmdme (142)

LMGene (50)

LOBSTAHS (153)

loci2path (120)

logicFS (161)

logitT (58)

Logolas (17)

lol (31)

LOLA (231)

LoomExperiment (625)

LowMACA (37)

LPE (152)

LPEadj (74)

lpNet (131)

lpsymphony (843)

LRBaseDbi (116)

LRcell (105)

lumi (1214)

lute (87)

LVSmiRNA (40)

LymphoSeq (141)

M

M3C (596)

M3D (30)

M3Drop (555)

m6Aboost (98)

maanova (82)

Maaslin2 (916)

maaslin3 (62)

Macarron (135)

macat (80)

maCorrPlot (144)

MACPET (20)

MACSQuantifyR (98)

MACSr (138)

maDB (24)

made4 (309)

MADSEQ (124)

maftools (2518)

MAGAR (102)

MAGeCKFlute (315)

magpie (95)

magrene (107)

MAI (110)

maigesPack (84)

MAIT (204)

makecdfenv (234)

makePlatformDesign (10)

MANOR (165)

manta (48)

MantelCorr (127)

MAPFX (90)

mAPKL (50)

maPredictDSC (127)

mapscape (105)

mariner (101)

marr (108)

marray (1717)

martini (120)

maser (170)

maSigPro (365)

maskBAD (145)

MassArray (125)

massiR (151)

MassSpecWavelet (1599)

MAST (2085)

mastR (195)

matchBox (119)

matchprobes (16)

MatrixGenerics (42547)

MatrixQCvis (207)

MatrixRider (121)

matter (262)

MaxContrastProjection (19)

MBAmethyl (111)

MBASED (136)

MBCB (137)

MBECS (118)

mbkmeans (366)

mbOmic (9)

mBPCR (147)

MBQN (109)

mbQTL (88)

MBttest (126)

mcaGUI (52)

MCbiclust (135)

MCRestimate (49)

mCSEA (152)

mdgsa (39)

mdp (124)

mdqc (148)

MDTS (110)

MEAL (157)

MeasurementError.cor (135)

MEAT (119)

MEB (114)

MEDIPS (190)

MEDME (139)

megadepth (183)

MEIGOR (148)

Melissa (119)

memes (265)

MergeMaid (54)

Mergeomics (139)

MeSHDbi (217)

meshes (191)

meshr (161)

MeSHSim (20)

MesKit (139)

messina (130)

metaArray (56)

Metab (141)

metabCombiner (174)

metabinR (98)

MetaboAnnotation (289)

MetaboCoreUtils (1722)

MetaboDynamics (45)

metabolomicsWorkbenchR (131)

metabomxtr (126)

MetaboSignal (166)

metaCCA (138)

MetaCyto (129)

metagene (57)

metagene2 (137)

metagenomeFeatures (36)

metagenomeSeq (1564)

metahdep (136)

metaMS (236)

MetaNeighbor (164)

MetaPhOR (113)

metapod (4681)

metapone (110)

metaSeq (152)

metaseqR (45)

metaseqR2 (129)

metavizr (29)

MetaVolcanoR (54)

metaX (15)

MetCirc (138)

MethCP (20)

methimpute (127)

methInheritSim (125)

methodical (72)

MethPed (128)

MethReg (104)

methrix (142)

MethTargetedNGS (127)

methVisual (42)

methyAnalysis (55)

MethylAid (159)

methylCC (125)

methylclock (208)

methylGSA (175)

methyLImp2 (100)

methylInheritance (125)

methylKit (687)

MethylMix (173)

methylMnM (149)

methylPipe (151)

methylscaper (142)

MethylSeekR (218)

methylSig (121)

methylumi (1482)

methyvim (15)

MetID (124)

MetMashR (48)

MetNet (129)

mfa (146)

Mfuzz (1429)

MGFM (137)

MGFR (123)

MGnifyR (121)

mgsa (173)

mia (1400)

miaDash (30)

miaSim (125)

miaViz (322)

MiChip (138)

microbiome (1850)

microbiomeDASim (110)

microbiomeExplorer (128)

microbiomeMarker (383)

MicrobiomeProfiler (167)

MicrobiotaProcess (503)

microRNA (246)

microSTASIS (102)

MICSQTL (93)

midasHLA (108)

MIGSA (30)

miloR (492)

mimager (115)

MIMOSA (47)

mina (95)

MineICA (154)

minet (663)

minfi (2273)

MinimumDistance (168)

MiPP (153)

miQC (161)

MIRA (126)

MiRaGE (155)

miRBaseConverter (199)

miRcomp (144)

mirIntegrator (139)

MIRit (99)

miRLAB (137)

miRmine (54)

miRNAmeConverter (128)

miRNApath (132)

miRNAtap (198)

miRSM (116)

miRsponge (9)

miRspongeR (107)

Mirsynergy (33)

mirTarRnaSeq (122)

missMethyl (1114)

missRows (114)

mist (23)

mistyR (169)

mitch (111)

mitoClone2 (124)

mitology (35)

mitoODE (32)

mixOmics (2916)

MLInterfaces (420)

mlm4omics (6)

MLP (194)

MLSeq (182)

MMAPPR2 (23)

MMDiff (32)

MMDiff2 (132)

mmgmos (4)

mmnet (31)

MmPalateMiRNA (50)

MMUPHin (208)

mnem (130)

moanin (209)

mobileRNA (87)

MobilityTransformR (59)

MODA (121)

ModCon (100)

Modstrings (132)

MOFA (13)

MOFA2 (617)

MOGAMUN (103)

mogsa (275)

MoleculeExperiment (122)

MOMA (123)

monaLisa (204)

monocle (3301)

Moonlight2R (94)

MoonlightR (145)

MoPS (32)

mosaics (232)

mosbi (109)

MOSClip (59)

mosdef (249)

MOSim (130)

Motif2Site (111)

motifbreakR (201)

motifcounter (115)

MotifDb (584)

motifmatchr (1268)

MotifPeeker (46)

motifRG (48)

motifStack (646)

motifTestR (108)

MotIV (63)

MouseFM (196)

MPAC (70)

MPFE (113)

mpra (142)

MPRAnalyze (127)

MQmetrics (19)

mQTL.NMR (34)

msa (1992)

MSA2dist (138)

MsBackendMassbank (115)

MsBackendMetaboLights (68)

MsBackendMgf (471)

MsBackendMsp (378)

MsBackendRawFileReader (114)

MsBackendSql (111)

MsCoreUtils (3384)

MsDataHub (137)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1221)

MsFeatures (1261)

msgbsR (119)

MSGFgui (43)

MSGFplus (34)

msImpute (226)

mslp (88)

msmsEDA (268)

msmsTests (274)

MSnbase (2948)

MSnID (334)

mspms (52)

MSPrep (192)

msPurity (143)

msqrob2 (211)

MsQuality (103)

MSstats (525)

MSstatsBig (97)

MSstatsBioNet (31)

MSstatsConvert (449)

MSstatsLiP (122)

MSstatsLOBD (102)

MSstatsPTM (214)

MSstatsQC (130)

MSstatsQCgui (110)

MSstatsSampleSize (30)

MSstatsShiny (147)

MSstatsTMT (281)

MSstatsTMTPTM (5)

MTseeker (8)

MuData (123)

Mulcom (157)

MultiAssayExperiment (6168)

MultiBaC (130)

multiClust (141)

multicrispr (110)

MultiDataSet (1169)

multiGSEA (180)

multiHiCcompare (167)

MultiMed (129)

multiMiR (354)

MultimodalExperiment (96)

multiOmicsViz (50)

MultiRNAflow (115)

multiscan (140)

multiSight (19)

multistateQTL (82)

multiWGCNA (139)

multtest (11654)

mumosa (116)

MungeSumstats (836)

muscat (555)

muscle (396)

musicatk (129)

MutationalPatterns (320)

MVCClass (178)

mvGST (31)

MWASTools (173)

mygene (358)

myvariant (141)

mzID (2838)

mzR (3073)

N

NADfinder (123)

NanoMethViz (142)

NanoStringDiff (155)

NanoStringNCTools (368)

NanoStringQCPro (48)

nanotatoR (26)

NanoTube (139)

NarrowPeaks (39)

NBAMSeq (201)

NBSplice (20)

ncdfFlow (1027)

ncGTW (188)

NCIgraph (104)

ncRNAtools (110)

ndexr (121)

neaGUI (24)

nearBynding (109)

Nebulosa (1234)

NeighborNet (36)

nem (71)

nempi (101)

NetActivity (98)

netbenchmark (26)

netbiov (64)

netboost (111)

netboxr (21)

netDx (44)

nethet (144)

netOmics (24)

NetPathMiner (134)

netprioR (105)

netReg (19)

netresponse (156)

NetSAM (171)

netSmooth (134)

networkBMA (58)

netZooR (90)

NeuCA (49)

NewWave (119)

NGScopy (34)

ngsReports (140)

nipalsMCIA (109)

nnNorm (159)

nnSVG (196)

NOISeq (596)

nondetects (70)

NoRCE (112)

normalize450K (123)

NormalyzerDE (220)

NormqPCR (213)

normr (184)

NPARC (133)

npGSEA (132)

NTW (129)

nucleoSim (120)

nucleR (172)

nuCpos (117)

nudge (48)

nullranges (208)

NuPoP (160)

NxtIRFcore (18)

O

occugene (131)

OCplus (171)

octad (101)

ODER (13)

odseq (116)

OGRE (106)

OGSA (32)

oligo (2004)

oligoClasses (1608)

OLIN (175)

OLINgui (149)

omada (97)

OmaDB (233)

omicade4 (210)

OmicCircos (249)

omicplotR (127)

omicRexposome (131)

OmicsLonDA (31)

OmicsMarkeR (26)

OmicsMLRepoR (55)

OMICsPCA (123)

omicsPrint (134)

omicsViewer (111)

Omixer (117)

OmnipathR (823)

ompBAM (148)

omXplore (65)

Onassis (26)

oncomix (124)

oncoscanR (110)

OncoScore (121)

OncoSimulR (142)

oneChannelGUI (62)

oneSENSE (35)

onlineFDR (94)

ontoCAT (43)

ontoProc (244)

ontoTools (27)

openCyto (612)

openPrimeR (179)

openPrimeRui (57)

OpenStats (93)

OperaMate (19)

oposSOM (175)

oppar (132)

oppti (98)

optimalFlow (116)

OPWeight (114)

OrderedList (158)

ORFhunteR (112)

ORFik (206)

Organism.dplyr (382)

OrganismDbi (2540)

orthogene (396)

orthos (109)

OSAT (160)

Oscope (140)

OSTA.data (29)

OTUbase (138)

OutlierD (51)

OUTRIDER (220)

OutSplice (94)

OVESEG (129)

P

PAA (155)

packFinder (124)

padma (123)

PADOG (311)

pageRank (100)

PAIRADISE (152)

paircompviz (130)

pairedGSEA (85)

pairkat (133)

pairseqsim (3)

pamr (27)

pandaR (176)

panelcn.mops (121)

PAnnBuilder (46)

PanomiR (108)

panp (171)

PANR (149)

PanViz (45)

PanVizGenerator (31)

PAPi (37)

pareg (50)

parglms (125)

parody (150)

partCNV (90)

PAST (111)

Path2PPI (141)

pathifier (147)

pathlinkR (124)

pathMED (16)

PathNet (141)

PathoStat (201)

pathprint (18)

pathRender (148)

pathVar (42)

pathview (4649)

pathwayPCA (136)

PathwaySplice (16)

PatientGeneSets (8)

paxtoolsr (114)

Pbase (35)

pbcmc (12)

pcaExplorer (367)

pcaGoPromoter (34)

pcaMethods (4953)

PCAN (136)

PCAtools (1223)

pcot2 (70)

PCpheno (55)

pcxn (42)

PDATK (182)

pdInfoBuilder (183)

pdmclass (47)

PeacoQC (264)

peakPantheR (111)

PECA (151)

peco (117)

Pedixplorer (90)

pengls (97)

PepSetTest (70)

PepsNMR (154)

pepStat (128)

pepXMLTab (130)

PERFect (26)

periodicDNA (109)

perturbatr (19)

pfamAnalyzeR (275)

PFP (17)

PGA (34)

pgca (102)

PGSEA (94)

pgUtils (14)

pgxRpi (95)

phantasus (232)

phantasusLite (107)

PharmacoGx (259)

phemd (29)

phenoDist (33)

PhenoGeneRanker (93)

phenomis (113)

phenopath (147)

phenoTest (168)

PhenStat (142)

philr (198)

PhIPData (120)

phosphonormalizer (106)

PhosR (177)

PhyloProfile (126)

phyloseq (5556)

Pi (50)

piano (372)

PICB (36)

pickgene (129)

PICS (158)

Pigengene (147)

PING (148)

pint (37)

pipeComp (116)

pipeFrame (153)

PIPETS (88)

Pirat (66)

PIUMA (90)

pkgDepTools (69)

planet (229)

planttfhunter (120)

plasmut (88)

plateCore (52)

plethy (55)

plgem (172)

plier (186)

PloGO2 (33)

plotgardener (236)

plotGrouper (104)

PLPE (144)

plrs (38)

PLSDAbatch (110)

plw (54)

plyinteractions (103)

plyranges (1070)

plyxp (58)

pmm (119)

pmp (164)

PoDCall (88)

podkat (147)

poem (27)

pogos (153)

polyester (121)

Polyfit (32)

PolySTest (68)

Polytect (52)

POMA (226)

POST (16)

PoTRA (14)

PowerExplorer (15)

powerTCR (301)

POWSC (115)

ppcseq (115)

PPInfer (227)

ppiStats (73)

pqsfinder (177)

prada (60)

pram (123)

prebs (128)

preciseTAD (115)

PrecisionTrialDrawer (21)

PREDA (158)

predictionet (51)

preprocessCore (14347)

primirTSS (111)

PrInCE (121)

Prize (25)

proActiv (126)

proBAMr (127)

proBatch (31)

PROcess (173)

procoil (153)

ProCoNA (34)

proDA (256)

proFIA (34)

profileplyr (267)

profileScoreDist (110)

progeny (494)

projectR (132)

pRoloc (289)

pRolocGUI (174)

PROMISE (145)

PRONE (68)

PROPER (169)

PROPS (119)

Prostar (152)

prot2D (25)

proteasy (25)

proteinProfiles (113)

ProteoDisco (99)

ProteomicsAnnotationHubData (28)

ProteoMM (129)

proteoQC (37)

protGear (112)

ProtGenerics (11110)

PSEA (58)

psichomics (133)

PSICQUIC (43)

PSMatch (2160)

psygenet2r (92)

ptairMS (99)

PubScore (16)

pulsedSilac (17)

puma (181)

PureCN (223)

pvac (142)

pvca (298)

Pviz (129)

pwalign (6541)

PWMEnrich (238)

pwOmics (156)

pwrEWAS (25)

Q

qckitfastq (122)

qcmetrics (153)

QDNAseq (326)

QFeatures (2593)

qmtools (113)

qpcrNorm (151)

qpgraph (208)

qPLEXanalyzer (120)

qrqc (51)

QRscore (33)

qsea (126)

qsmooth (195)

QSutils (197)

qsvaR (199)

QTLExperiment (97)

Qtlizer (112)

QUALIFIER (42)

quantiseqr (599)

quantro (257)

quantsmooth (652)

QuartPAC (71)

QuasR (357)

QuaternaryProd (129)

QUBIC (173)

qusage (409)

qvalue (19616)

R

R3CPET (119)

r3Cseq (168)

R453Plus1Toolbox (167)

R4RNA (648)

RadioGx (117)

raer (94)

RaggedExperiment (761)

RAIDS (93)

rain (165)

rama (50)

RamiGO (31)

ramr (112)

ramwas (150)

RandomWalkRestartMH (47)

randPack (135)

randRotation (101)

RankProd (281)

RAREsim (97)

RareVariantVis (141)

Rariant (47)

Rarr (198)

rawDiag (100)

rawrr (207)

RbcBook1 (231)

Rbec (103)

RBGL (8920)

RBioFormats (267)

RBioinf (161)

rBiopaxParser (198)

rBLAST (225)

RBM (135)

Rbowtie (432)

Rbowtie2 (277)

RbowtieCuda (14)

rbsurv (160)

Rbwa (104)

Rcade (60)

RCAS (159)

RCASPAR (118)

rcellminer (163)

rCGH (155)

Rchemcpp (35)

RchyOptimyx (44)

RcisTarget (1250)

RCM (125)

Rcollectl (58)

Rcpi (189)

RCSL (114)

Rcwl (108)

RcwlPipelines (113)

RCX (116)

RCy3 (795)

RCyjs (141)

RCytoscape (34)

RDAVIDWebService (67)

Rdbi (18)

RdbiPgSQL (13)

rDGIdb (68)

Rdisop (458)

RDRToolbox (189)

ReactomeContentService4R (84)

ReactomeGraph4R (39)

ReactomeGSA (261)

ReactomePA (2964)

readat (19)

ReadqPCR (235)

reb (52)

REBET (112)

rebook (178)

receptLoss (104)

reconsi (100)

recount (394)

recount3 (315)

recountmethylation (127)

recoup (132)

RedeR (299)

RedisParam (99)

REDseq (155)

ReducedExperiment (45)

RefNet (31)

RefPlus (85)

RegEnrich (125)

regionalpcs (101)

RegionalST (81)

regioneR (1709)

regioneReloaded (108)

regionReport (184)

regsplice (113)

regutools (116)

REMP (121)

Repitools (311)

ReportingTools (540)

reposTools (2)

RepViz (107)

ReQON (67)

ResidualMatrix (3837)

RESOLVE (93)

Resourcerer (23)

restfulSE (120)

retrofit (94)

ReUseData (92)

rexposome (151)

rfaRm (104)

Rfastp (198)

RFLOMICS (23)

rflowcyt (23)

rfPred (144)

rGADEM (371)

RGalaxy (43)

rGenomeTracks (109)

Rgin (21)

RGMQL (45)

RgnTX (101)

rgoslin (165)

RGraph2js (131)

Rgraphviz (8933)

rGREAT (635)

RGSEA (153)

rgsepd (136)

rhdf5 (21217)

rhdf5client (152)

rhdf5filters (20899)

Rhdf5lib (22932)

rhinotypeR (59)

Rhisat2 (219)

Rhtslib (23618)

rHVDM (59)

RiboCrypt (97)

RiboDiPA (115)

RiboProfiling (162)

ribor (120)

riboSeqR (153)

ribosomeProfilingQC (134)

rifi (101)

rifiComparative (95)

Rigraphlib (92)

rigvf (23)

RImmPort (106)

Ringo (146)

Rintact (11)

RIPAT (30)

RIPSeeker (54)

Risa (198)

RITAN (117)

RIVER (130)

RJMCMCNucleosomes (121)

RLassoCox (109)

RLMM (140)

RLSeq (23)

RMAGEML (13)

Rmagpie (152)

RMAPPER (15)

RMassBank (186)

rMAT (44)

rmelting (118)

RmiR (46)

Rmmquant (119)

rmspc (101)

RNAAgeCalc (139)

RNAdecay (107)

rnaEditr (119)

RNAinteract (70)

RNAither (60)

RNAmodR (111)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (106)

RNAmodR.ML (114)

RNAmodR.RiboMethSeq (109)

RNAprobR (31)

RNAsense (103)

rnaseqcomp (147)

RNAseqCovarImpute (87)

rnaSeqMap (47)

RNASeqPower (235)

RNASeqR (19)

RnaSeqSampleSize (165)

RnBeads (318)

Rnits (131)

roar (143)

roastgsa (97)

ROC (1103)

ROCpAI (95)

RolDE (115)

Roleswitch (38)

Rolexa (31)

rols (416)

ROntoTools (204)

ropls (1171)

ROSeq (127)

ROTS (258)

RPA (136)

rprimer (127)

RProtoBufLib (2309)

RpsiXML (70)

rpx (348)

Rqc (320)

rqt (94)

rqubic (152)

rRDP (147)

Rredland (11)

RRHO (153)

rrvgo (551)

Rsamtools (23341)

rsbml (181)

rScudo (111)

rsemmed (104)

RSeqAn (149)

rSFFreader (37)

RSNPper (11)

Rsubread (2071)

RSVSim (139)

rSWeeP (115)

rTANDEM (46)

RTCA (142)

RTCGA (468)

RTCGAToolbox (483)

RTN (222)

RTNduals (123)

RTNsurvival (116)

RTools4TB (7)

RTopper (158)

Rtpca (128)

rtracklayer (20063)

Rtreemix (153)

rTRM (184)

rTRMui (136)

RUCova (30)

runibic (116)

Ruuid (18)

RUVcorr (130)

RUVnormalize (139)

RUVSeq (861)

Rvisdiff (93)

RVS (111)

RWebServices (27)

rWikiPathways (381)

S

S4Arrays (40454)

S4Vectors (56191)

safe (601)

SAGElyzer (7)

sagenhaft (149)

SAGx (58)

SAIGEgds (161)

samExploreR (14)

sampleClassifier (122)

SamSPECTRAL (182)

sangeranalyseR (265)

sangerseqR (757)

SANTA (136)

sapFinder (42)

saps (16)

SARC (96)

sarks (104)

saseR (80)

satuRn (307)

savR (37)

SBGNview (210)

sbgr (11)

SBMLR (146)

SC3 (367)

Scale4C (142)

ScaledMatrix (12457)

scAlign (16)

SCAN.UPC (144)

scanMiR (123)

scanMiRApp (105)

scAnnotatR (214)

SCANVIS (123)

SCArray (123)

SCArray.sat (99)

SCATE (17)

scater (7154)

scatterHatch (102)

scBFA (120)

SCBN (116)

scBubbletree (112)

scCB2 (106)

scClassifR (6)

scClassify (174)

sccomp (152)

scDataviz (129)

scDblFinder (1766)

scDD (180)

scDDboost (100)

scde (440)

scDesign3 (119)

scDiagnostics (66)

scDotPlot (94)

scds (479)

SCFA (110)

scFeatureFilter (121)

scFeatures (102)

scfind (16)

scGPS (144)

schex (172)

scHiCcompare (34)

scHOT (122)

scider (99)

scifer (103)

ScISI (68)

scMAGeCK (15)

scmap (269)

scMerge (478)

scMET (103)

scmeth (110)

scMitoMut (90)

scMultiSim (102)

SCnorm (168)

scone (162)

Sconify (120)

SCOPE (121)

scoreInvHap (122)

scoup (57)

scp (260)

scPCA (140)

scPipe (148)

scQTLtools (36)

scran (4679)

scrapper (132)

scReClassify (124)

scRecover (124)

screenCounter (96)

ScreenR (99)

scRepertoire (679)

scRNAseqApp (103)

scruff (124)

scry (314)

scShapes (100)

scsR (40)

scTensor (114)

scTGIF (215)

scTHI (103)

scTreeViz (108)

scuttle (9063)

scviR (90)

SDAMS (123)

seahtrue (70)

sechm (219)

segmenter (113)

segmentSeq (162)

selectKSigs (101)

SELEX (149)

SemDist (141)

semisup (112)

SemSim (5)

SEPA (22)

SEPIRA (37)

seq.hotSPOT (92)

seq2pathway (233)

seqArchR (100)

seqArchRplus (93)

SeqArray (903)

seqbias (60)

seqCAT (130)

seqCNA (64)

seqcombo (107)

SeqGate (109)

SeqGSEA (253)

seqLogo (3539)

seqPattern (747)

seqplots (45)

seqsetvis (143)

SeqSQC (213)

seqTools (162)

SeqVarTools (476)

SEraster (26)

sesame (842)

SEtools (216)

sevenbridges (140)

sevenC (120)

SGCP (181)

SGSeq (324)

SharedObject (141)

shiny.gosling (102)

shinyDSP (31)

shinyepico (112)

shinyMethyl (177)

shinyTANDEM (34)

ShortRead (5952)

SIAMCAT (186)

SICtools (126)

sigaR (38)

SigCheck (118)

sigFeature (322)

SigFuge (148)

siggenes (3017)

sights (135)

signatureSearch (207)

signeR (140)

signet (10)

signifinder (83)

sigPathway (68)

SigsPack (103)

sigsquared (128)

SIM (150)

SIMAT (140)

SimBindProfiles (63)

SimBu (203)

SIMD (109)

SimFFPE (100)

similaRpeak (143)

SIMLR (200)

simona (401)

simPIC (88)

simpleaffy (106)

simpleSeg (134)

simplifyEnrichment (1052)

simulatorAPMS (13)

simulatorZ (32)

sincell (148)

single (38)

SingleCellAlleleExperiment (99)

SingleCellExperiment (16446)

SingleCellSignalR (246)

singleCellTK (346)

SingleMoleculeFootprinting (109)

SingleR (4397)

singscore (1544)

SiPSiC (100)

SISPA (41)

sitadela (100)

Site2Target (20)

sitePath (122)

sizepower (144)

SJava (22)

sketchR (100)

skewr (125)

slalom (154)

SLGI (70)

slingshot (1640)

slinky (22)

SLqPCR (145)

SMAD (106)

SMAP (74)

smartid (100)

SMITE (127)

smoothclust (99)

smoppix (35)

SNAGEE (135)

snapCGH (77)

snapcount (113)

snifter (176)

snm (169)

SNPchip (57)

SNPediaR (105)

SNPhood (140)

snpMatrix (18)

SNPRelate (1731)

snpStats (2033)

soGGi (382)

sojourner (24)

SomatiCA (30)

SomaticSignatures (206)

SOMNiBUS (89)

sosta (42)

SpaceMarkers (88)

SpacePAC (101)

spacexr (45)

spade (33)

Spaniel (132)

SpaNorm (67)

sparrow (422)

SparseArray (42714)

sparseDOSSA (31)

sparseMatrixStats (15411)

sparsenetgls (101)

SparseSignatures (129)

spaSim (109)

SpatialCPie (138)

spatialDE (145)

SpatialDecon (234)

SpatialExperiment (5234)

SpatialExperimentIO (46)

spatialFDA (60)

SpatialFeatureExperiment (254)

spatialHeatmap (255)

SpatialOmicsOverlay (108)

spatialSimGP (55)

spatzie (98)

speckle (280)

specL (146)

SpeCond (169)

Spectra (1843)

SpectralTAD (136)

SpectraQL (63)

SPEM (153)

SPIA (577)

SPIAT (173)

spicyR (218)

SpidermiR (35)

spikeLI (125)

spiky (105)

spillR (92)

spkTools (144)

splatter (462)

splicegear (50)

spliceR (30)

spliceSites (38)

SpliceWiz (169)

SplicingFactory (99)

SplicingGraphs (180)

SplineDV (50)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (143)

SPLINTER (109)

splots (186)

SPONGE (125)

spoon (88)

SpotClean (140)

SPOTlight (318)

spotSegmentation (42)

SpotSweeper (100)

spqn (113)

SPsimSeq (197)

SQLDataFrame (106)

SQUADD (48)

squallms (68)

sRACIPE (127)

SRAdb (463)

sRAP (48)

SRGnet (16)

srnadiff (101)

sscore (63)

sscu (123)

sSeq (203)

ssize (166)

sSNAPPY (200)

SSPA (116)

ssPATHS (115)

ssrch (116)

ssviz (145)

StabMap (58)

stageR (238)

stam (11)

STAN (47)

standR (182)

staRank (73)

StarBioTrek (40)

Starr (56)

STATegRa (148)

Statial (129)

statTarget (157)

STdeconvolve (130)

stepNorm (151)

stepwiseCM (39)

stJoincount (112)

strandCheckR (122)

Streamer (140)

STRINGdb (1468)

STROMA4 (30)

struct (179)

Structstrings (123)

structToolbox (174)

StructuralVariantAnnotation (222)

SubCellBarCode (125)

subSeq (152)

SUITOR (94)

SummarizedBenchmark (39)

SummarizedExperiment (41311)

Summix (102)

supersigs (200)

supraHex (334)

surfaltr (107)

SurfR (81)

survClust (74)

survcomp (1416)

survtype (110)

Sushi (81)

sva (7329)

svaNUMT (95)

SVAPLSseq (11)

svaRetro (106)

SVM2CRM (25)

SVMDO (109)

SVP (32)

SWATH2stats (133)

SwathXtend (130)

swfdr (134)

SwimR (35)

switchBox (149)

switchde (121)

synapsis (105)

synapter (191)

synergyfinder (274)

SynExtend (123)

synlet (132)

SynMut (108)

syntenet (144)

systemPipeR (1194)

systemPipeShiny (124)

systemPipeTools (107)

T

tadar (99)

TADCompare (136)

tanggle (130)

TAPseq (124)

target (123)

TargetDecoy (127)

TargetScore (151)

TargetSearch (152)

TarSeqQC (46)

TaxSEA (20)

TBSignatureProfiler (106)

TCC (279)

TCGAbiolinks (4892)

TCGAbiolinksGUI (39)

TCGAutils (657)

TCseq (655)

TDARACNE (47)

TDbasedUFE (101)

TDbasedUFEadv (104)

TEKRABber (194)

TENET (24)

TENxIO (120)

tenXplore (113)

TEQC (159)

terapadog (37)

ternarynet (129)

terraTCGAdata (106)

TFARM (109)

TFBSTools (3218)

TFEA.ChIP (155)

TFHAZ (118)

TFutils (142)

tidybulk (347)

tidyCoverage (89)

tidyFlowCore (72)

tidyomics (113)

tidysbml (66)

tidySingleCellExperiment (251)

tidySpatialExperiment (109)

tidySummarizedExperiment (353)

tidytof (70)

tigre (158)

TileDBArray (126)

tilingArray (185)

timecourse (167)

timeOmics (145)

timescape (120)

TimeSeriesExperiment (24)

TimiRGeN (25)

TIN (140)

TissueEnrich (280)

TitanCNA (156)

tkWidgets (1423)

tLOH (104)

TMixClust (133)

TMSig (61)

TNBC.CMS (34)

TnT (100)

TOAST (464)

tofsims (22)

tomoda (119)

tomoseqr (104)

TOP (91)

ToPASeq (37)

topconfects (200)

topdownr (126)

topGO (2591)

ToxicoGx (120)

TPP (180)

TPP2D (120)

tpSVG (89)

tracktables (222)

trackViewer (620)

tradeSeq (598)

TrajectoryGeometry (94)

TrajectoryUtils (1937)

transcriptogramer (121)

transcriptR (139)

transformGamPoi (115)

transite (125)

tRanslatome (228)

transmogR (84)

transomics2cytoscape (127)

TransView (107)

TraRe (15)

traseR (143)

Travel (4)

traviz (66)

TreeAndLeaf (162)

treeclimbR (89)

treeio (22885)

treekoR (125)

TreeSummarizedExperiment (2150)

TREG (109)

trena (36)

TReNA (3)

Trendy (117)

TRESS (112)

tricycle (276)

TrIdent (38)

triform (43)

trigger (152)

trio (180)

triplex (154)

tripr (106)

tRNA (126)

tRNAdbImport (117)

tRNAscanImport (113)

TRONCO (151)

TSAR (88)

TSCAN (598)

tscR (20)

tspair (54)

TSRchitect (27)

TSSi (37)

ttgsea (98)

TTMap (129)

TurboNorm (150)

TVTB (120)

tweeDEseq (190)

twilight (175)

twoddpcr (128)

txcutr (97)

txdbmaker (4372)

tximeta (1006)

tximport (3515)

TxRegInfra (13)

TypeInfo (89)

U

UCell (1614)

UCSC.utils (39180)

Ularcirc (121)

UMI4Cats (108)

uncoverappLib (109)

UNDO (143)

unifiedWMWqPCR (106)

UniProt.ws (504)

Uniquorn (130)

universalmotif (966)

updateObject (103)

UPDhmm (78)

uSORT (131)

V

VAExprs (98)

VanillaICE (260)

VarCon (111)

variancePartition (937)

VariantAnnotation (11137)

VariantExperiment (84)

VariantFiltering (149)

VariantTools (180)

vasp (7)

VaSP (113)

vbmp (186)

VCFArray (111)

VDJdive (110)

Vega (35)

VegaMC (150)

velociraptor (190)

veloviz (99)

VennDetail (292)

VERSO (100)

vidger (172)

viper (748)

virtualArray (13)

ViSEAGO (149)

VisiumIO (117)

visiumStitched (41)

vissE (161)

vmrseq (15)

Voyager (241)

VplotR (128)

vsclust (105)

vsn (4796)

vtpnet (148)

vulcan (107)

W

waddR (90)

wateRmelon (882)

wavClusteR (133)

waveTiling (40)

weaver (147)

webbioc (151)

weitrix (121)

widgetInvoke (6)

widgetTools (1418)

wiggleplotr (190)

wpm (123)

wppi (90)

Wrench (1556)

X

XAItest (22)

XBSeq (35)

xCell2 (42)

XCIR (10)

xcms (1476)

xcore (102)

XDE (171)

XeniumIO (31)

xenLite (63)

Xeva (174)

XINA (122)

xmapbridge (139)

xmapcore (9)

XNAString (110)

xps (52)

XVector (50672)

Y

y2hStat (4)

yamss (119)

YAPSA (149)

yaqcaffy (47)

yarn (157)

Z

zellkonverter (1723)

zenith (149)

zFPKM (165)

zinbwave (799)

zitools (63)

zlibbioc (50217)

ZygosityPredictor (89)

OSZAR »